Organisasi kemahasiswaan adalah komponen penting dalam proses pendidikan mahasiswa Universitas Darunnajah sebagai calon pemimpin bangsa. Peran aktif mahasiswa dalam organisasi kemahasiswaan merupakan proses pengembangan karakter unggul khususnya aspek softskills baik aspek intrapersonal maupun interpersonal mahasiswa. Organisasi kemahasiswaan juga memegang peranan penting sebagai salah satu aktor utama dalam pencapaian tujuan yaitu membangun keunggulan mahasiswa Universitas Darunnajah sebagai entrepreneur yang mumpuni dalam teknologi berbekal ilmu agama yang kuat.
Organisasi kemahasiswaan di Universitas Darunnajah tersebar di tingkat Universitas, Fakultas, sampai Program Studi. Bentuk organisasi kemahasiswaan dapat berupa Lembaga Mahasiswa, Lembaga Khusus, Unit Kegiatan Mahasiswa (UKM), Unit Unggulan Universitas, Lembaga Pers Mahasiswa, Lembaga Dakwah Mahasiswa, Unit Bidang Penalaran & Riset, serta masih banyak lagi. Berbagai organisasi kemahasiswaan tersebut berada di bawah naungan Wakil Rektor III, Bidang Kemahasiswaan Universitas.